Contenu à visée informative, à jour à sa date de publication ; il ne constitue pas un conseil fiscal, juridique ou en investissement personnalisé. Consultez un expert vérifié pour votre situation.
Ce qu'il faut retenir
- Le médecin libéral doit-il facturer la TVA ?
- Comment justifier un écart entre la déclaration 2035 et le SNIR ?
- Quel est le coût d'un expert-comptable pour un médecin libéral ?
- Peut-on créer une SELARL à deux médecins ?
Comptabilité médecin : recettes/dépenses et SCM
Avec plus de 230 000 médecins en exercice en France, dont environ 100 000 en libéral, la profession médicale constitue l'un des plus importants contingents de professionnels libéraux. La comptabilité du médecin libéral relève du régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) et présente des particularités liées à la nature même de l'activité : recettes issues de la CPAM et des complémentaires santé, exonération de TVA sur les actes médicaux, exercice fréquent en Société Civile de Moyens (SCM), et contrôle fiscal facilité par le relevé SNIR.
La comptabilité de trésorerie du médecin
Le médecin libéral tient une comptabilité de trésorerie : les recettes sont comptabilisées à la date de leur encaissement effectif et les dépenses à la date de leur paiement. Cette règle a une conséquence pratique importante : les honoraires facturés en décembre mais encaissés en janvier de l'année suivante ne sont pas inclus dans le résultat de l'exercice. Le livre-journal des recettes doit mentionner pour chaque opération la date, l'identité du patient, la nature de l'acte, le montant et le mode de paiement. Le registre des immobilisations et des amortissements complète le dispositif comptable.
Le SNIR : un outil de contrôle fiscal
Le Relevé SNIR (Système National Inter-Régimes) est un document établi annuellement par la CPAM qui récapitule l'ensemble des honoraires perçus par le médecin au titre de l'Assurance Maladie. Ce document est transmis simultanément au médecin et à l'administration fiscale. Tout écart entre les recettes déclarées sur la déclaration 2035 et le montant SNIR doit pouvoir être justifié. Les écarts légitimes proviennent des honoraires non conventionnés, des dépassements d'honoraires non remboursés, des consultations non prises en charge, et du décalage de trésorerie entre la date de l'acte et la date d'encaissement.
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La Société Civile de Moyens (SCM)
La SCM est une structure juridique très répandue chez les médecins qui exercent en groupe. Son objet est exclusivement la mise en commun des moyens d'exercice : local professionnel, secrétariat, matériel médical, logiciels. La SCM n'exerce pas elle-même l'activité médicale et ne réalise donc pas de bénéfice. Chaque associé verse une contribution proportionnelle à ses droits dans la société. Cette contribution est déductible de ses recettes BNC. La SCM doit tenir sa propre comptabilité, déposer une déclaration 2036 et répartir les charges entre les associés au moyen d'un état de répartition annexé à la déclaration.
Les charges déductibles du médecin libéral
- Quote-part de charges SCM ou loyer du cabinet (si exercice individuel)
- Cotisations ordinales (Conseil de l'Ordre des médecins)
- Cotisations CARMF (retraite et prévoyance obligatoire)
- Cotisations Madelin facultatives (complémentaire santé, prévoyance, retraite supplémentaire)
- Cotisations URPS et syndicales
- Frais de formation continue et DPC (Développement Professionnel Continu)
- Assurance Responsabilité Civile Professionnelle
- Frais de véhicule (indemnités kilométriques ou frais réels)
- Petit matériel médical non immobilisé
Le remplacement et la collaboration libérale
Le remplacement est une pratique courante en médecine libérale. Le médecin remplaçant perçoit les honoraires et reverse au médecin remplacé une redevance (généralement comprise entre 0 et 15 % des honoraires encaissés pendant le remplacement). Cette redevance constitue une charge déductible pour le remplaçant et une recette imposable pour le remplacé. La collaboration libérale est une autre forme d'exercice en commun : le collaborateur exerce dans le cabinet du titulaire et lui verse une redevance pour l'utilisation des locaux et du matériel, généralement entre 10 et 30 % de ses honoraires.
Optimiser sa comptabilité médicale
Le médecin libéral peut optimiser sa situation fiscale par plusieurs leviers. L'adhésion à une AGA (Association de Gestion Agréée) donne accès à la réduction d'impôt de 915 euros pour frais de comptabilité (si les recettes sont inférieures au seuil du micro-BNC). Le choix du régime de frais de véhicule (indemnités kilométriques vs frais réels) doit être arbitré chaque année en fonction du kilométrage professionnel. Les cotisations Madelin permettent de déduire les primes de complémentaire santé et de prévoyance dans des limites fiscales avantageuses. Enfin, la mise en place d'un contrat retraite Madelin ou PER individuel permet de constituer une épargne retraite déductible du bénéfice.
À retenir
ℹ️ Les médecins conventionnés secteur 1 bénéficient d'une déduction forfaitaire de 2 % sur les recettes conventionnées en lieu et place de la déduction des frais réels de représentation, réception, prospection, cadeaux professionnels et menus frais de bureau. Cette option est cumulable avec la déduction des frais de véhicule et des autres charges professionnelles.
Structures d'exercice : quel impact fiscal et social ?
| Structure | Régime | Cotisations | Avantages | Inconvénients |
|---|---|---|---|---|
| EI (déclaration contrôlée) | BNC IR | CARMF + URSSAF ~38% | Simplicité | Bénéfice = base cotisations |
| SCM | Transparente (charges partagées) | N/A (pas d'activité médicale) | Mutualisation des charges | Comptabilité SCM supplémentaire |
| SEL (SELARL/SELAS) | IS | TNS (SELARL) ou assimilé-salarié (SELAS) | Optimisation IS/IR, dividendes | Coût de création, obligations AGO |
| Exercice groupé SEL | IS | Variable selon forme | Mutualisation + avantages IS | Complexité juridique |
| SCI pour l'immobilier | IS ou IR | N/A | Détention des murs dissociée | Comptabilité supplémentaire |
Conseil
💡 De plus en plus de médecins à recettes élevées (> 150 000 €/an) passent en SELARL à l'IS. Ils se versent une rémunération modérée soumise aux cotisations CARMF, et distribuent le reste en dividendes soumis à la flat tax 30% — sans cotisations CARMF sur les dividendes (à la différence des gérants majoritaires de SARL IS hors professions libérales).
IS vs IR pour un médecin libéral : simulation
Profil : Dr. Sophie, médecin spécialiste, recettes 220 000 €, charges réelles 55 000 €.
Scénario 1 : EI, déclaration contrôlée (IR)
- Bénéfice BNC : 220 000 - 55 000 = 165 000 €
- Cotisations CARMF + URSSAF (~38%) : 62 700 €
- Cotisations Madelin (max ~16 000 €) : -16 000 €
- Base IR : 165 000 - 62 700 - 16 000 = 86 300 €
- IR (TMI 41%, couple sans enfant) : ~23 500 €
- Charge totale : ~102 200 €, net disponible : ~62 800 €
Scénario 2 : SELARL IS, rémunération 90 000 €
- Cotisations CARMF + URSSAF sur 90 000 € : ~34 200 €
- Bénéfice IS : 220 000 - 90 000 - 34 200 - 55 000 = 40 800 €
- IS 15% sur 40 800 € : 6 120 €
- Dividendes nets IS : 40 800 - 6 120 = 34 680 €
- Flat tax 30% : 10 404 €
- IR sur 90 000 € rémunération : ~14 000 €
- Charge totale : ~64 724 €, net disponible : ~80 276 €
Économie SELARL vs EI : ~17 500 €/an + accumulation possible dans la société à IS 15%.
Attention
⚠️ Avant toute création de SEL, vérifiez les contraintes ordinales applicables à votre spécialité. La majorité du capital doit être détenue par des professionnels en exercice. Les clauses anti-dilution et les pactes d'associés sont indispensables en cas d'exercice à plusieurs.
Cotisations CARMF : points de vigilance
| Cotisation | Base | Taux indicatif 2026 |
|---|---|---|
| Retraite de base | Revenus professionnels | ~8,23% dans la limite PASS |
| Retraite complémentaire | Revenus professionnels | ~9-14% selon classe |
| Invalidité-décès | Forfaitaire | ~800-2 000 €/an |
| ASV (pour secteur 1) | Honoraires conventionnés | Prise en charge partielle CPAM |
Conseil
💡 La cotisation Madelin retraite peut compléter la CARMF et générer des déductions fiscales significatives. Pour un médecin en TMI 41%, chaque euro de cotisation Madelin économise 0,41 € d'IR. Le plafond est de 10% du bénéfice imposable + 15% sur la fraction entre 1 PASS et 8 PASS.
Erreurs fréquentes à éviter
- Ignorer le rapprochement SNIR/2035 : Un écart non justifié entre la déclaration 2035 et le SNIR déclenche quasi-systématiquement un contrôle fiscal. Établissez chaque année un tableau de rapprochement documenté.
- Confondre comptabilité SCM et comptabilité personnelle : La comptabilité SCM est distincte de la comptabilité BNC personnelle. Les charges facturées par la SCM sont des charges déductibles pour le médecin (et non des charges de la SCM).
- Négliger les cotisations CARMF de régularisation : Comme pour tous les TNS, les cotisations CARMF sont provisionnelles en N et régularisées en N+2. Ne pas provisionner ce montant conduit à des surprises de trésorerie.
- Oublier les implications de la TUP pour la SCM : Si le dernier associé d'une SCM est médecin individuel, la SCM peut faire l'objet d'une transmission universelle du patrimoine (TUP) sans liquidation. Cette opération simplifie la clôture mais a des implications fiscales à anticiper.
- Sous-estimer les frais de véhicule : Beaucoup de médecins choisissent les indemnités kilométriques sans vérifier si les frais réels (crédit-bail, assurance, entretien) seraient plus avantageux. Pour les gros kilométrages ou les véhicules coûteux, les frais réels peuvent être significativement supérieurs.
Se faire accompagner
Un expert-comptable spécialisé en professions libérales de santé maîtrise le SNIR, la SCM, les cotisations CARMF et les cotisations Madelin. Un avocat fiscaliste est recommandé pour la création d'une SEL et les pactes d'associés entre médecins. Un conseiller en gestion de patrimoine vous accompagnera dans l'optimisation des cotisations Madelin, le PER individuel et la stratégie de transmission du cabinet.
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Ce qu'il faut retenir
- Le médecin libéral doit-il facturer la TVA ?
- Comment justifier un écart entre la déclaration 2035 et le SNIR ?
- Quel est le coût d'un expert-comptable pour un médecin libéral ?
- Peut-on créer une SELARL à deux médecins ?
Questions fréquentes
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